Giving Japanese nationals free access to the Dutch labour market was an unintended consequence of two treaties. And while there are no direct problems with Japanese, the bigger problem is that countries with similar trade treaties to the Netherlands could claim similar rights.
This was rectified by releasing an interpretative declaration of the Swiss treaty, which clarified the intent of the treaty.
The minister of social affairs Lodewijk Asscher
clarified the reasons in a letter to the house of representatives stated that (emphasis mine):
4. Wat was de reden om de interpretatieve verklaring op te stellen?
Andwoord 4: Aanleiding voor de verklaring vormde de uitspraak van de Afdeling
Bestuursrechtspraak van de Raad van State van 24 December 2014. In die uitspraak
oordeelt de Afdeling dat de toegang tot de Nederlandse arbeidsmarkt voor
Zwitserse onderdanen vrij is. Op grond van het meestbegunstigingsclausule in
het Handels- en Scheepsvaartverdrag met Japan hebben, volgende de Afdeling,
ook Japanse onderdanen dit recht. Nederland en Zwitserland hebben evenwel
nooit bedoeld dat het Nederlands-Zwitserse Tractaat vrij toegang tot de
arbeidsmarkten van beide landen toestaat. Dit is met de verklaring recht
gezet.
5. Waarom acht u het wenselijk dat voor Japanners die in Nederland willen
komen werken weer een tewerkstellingsvergunning is vereist? Heeft u
aanwijzingen dat er problemen ontstaan met Japanners op de Nederlandse
arbeidsmarkt?
Antwoord 5:
Zoals hiervoor al is aangegeven is het nooit de bedoeling van Nederland en
Zwitserland geweest om de bepalingen inzake toelating, verblijf, vestiging, en
het verrichten van arbeid zelfstandige betekenis te geven. Vanwege de
meestbegunstigingsclausule inde bilaterale handels- en vriendschapsverdragen
van het Koninkrijk kunnen mogelijk ook onderdanen van andere landen waarmee
Nederland een dergelijk verdrag heeft gesloten dezelfde rechten claimen.
What?! You don't read Dutch?!
4. What was the reason to release the interpretative declaration?
The reason for the declaration was the decision of the Department
Administrative Law of the State Council of 24 December 2014. In that statement
The Department concluded that Swiss nationals have free access to the Dutch
labour market.
On the basis of the "most favoured nation" (MFN) clause in the Trade and
waterway treaty with Japan the Department came to the conclusion that Japanese
nationals also have this right
However, it was never the intention of either the Netherlands or Switzerland
to establish free access to the labour markets of either country. This has
been rectified with this declaration.
5. Why do you consider it desirable that a work permit to be required for
Japanese who want to work in the Netherlands? Do you have indications of
problems with the Japanese in the Dutch Labour market?
Answer 5: As indicated before, it was never the intention of the
Netherlands and Switzerland to establish provisions relating to entry,
residence, establishment, and labour. Due to the BFN in the bilateral trade
and friendship treaties of the Kingdom it is possible that nationals of other
countries with similar treaties may claim similar rights.
Also see this announcement from the Dutch immigration service.