Note that when the terror attacks were revealed, the AfD didn't exist yet, so their current stance is mainly in relation to the NSU process where the surviving NSU member Beate Zschäpe and several supporters were convicted for murder or assistance.
Note also that there is no unified stance of the AfD, as the party is far from homogeneous and contains a broad spectrum from conservative politicians to activists rooted in or with close connections to neo-nazi movements.
A general trend of the party is to question the belief in the current system of the Federal Republic. This seems to be the stance the officials of the party have taken in this place as well:
https://afdkompakt.de/2018/07/11/prozess-gegen-beate-zschaepe-hat-kein-licht-ins-dunkel-gebracht/
Der Prozess gegen Beate Zschäpe hat trotz aufwendiger Arbeit kein Licht ins Dunkel gebracht. Die Bevölkerung muss sich wohl damit abfinden, dass die volle Wahrheit im Verborgenen bleiben wird. Umso unverständlicher ist diese Verurteilung als Ergebnis eines reinen Indizienprozesses. Das Prinzip ‚Im Zweifel für den Angeklagten‘ wurde meiner Meinung nach aus rein politischen Gründen missachtet – und berechtigte Zweifel sind mehr als genug geblieben. Der Staat hat es versäumt, die Zweifel an der offiziellen Version auszuräumen, weshalb weiterhin Misstrauen in der Bevölkerung gegen ihn und diverse Sicherheitsbehörden bestehen bleiben wird.
Nicht nur bei mir drängt sich der Eindruck auf, dass Beate Zschäpe stellvertretend für einen unfähigen und zur vollständigen Aufklärung nicht bereiten Staatsapparat verurteilt wurde. Der Prozess ist eine Enttäuschung für alle Betroffenen, insbesondere die Opferfamilien, die nicht nur eine Verurteilung, sondern vor allem Aufklärung wollten.
Translation (to my best knowledge, I am no native English speaker):
The trial against Beate Zschäpe has not shed any light in the dark, despite elaborate work. The public probably has to accept that the full truth will remain in secrecy. The conviction as a result of a trial purely based on circumstancial evidence is thus especially inconceivable. The principle "benefit of the doubt" has in my opinion been disregarded due to solely political reasons - and ample justifiable doubts have remained. The state has failed to settle the doubts concerning the official version, so that mistrust in the population will remain against it and various national security agencies.
I am not the only one to have the impression that Beate Zschäpe has been convicted in place of an incompetent state apparatus that is unwilling to reach complete clarification. The trial is a disappointment for all persons concerned, especially the families of the victims, who did not only want a conviction, but mainly clarification.
So, to sum up, the stance is that not the actual suspects should have been convicted (or at least not for murder/assistance), but the allegedly incompetent actors of the state. Specifically, Beate Zschäpe is not viewed as guilty of murder, or at least large doubts remain for the AfD.